اصل راهنمای داروهای نوآورانه کایرال به وضوح این را تصریح می کند"روش مستقیم برای تعیین پیکربندی مولکولی داروهای کایرال آنالیز ساختار اشعه ایکس تک کریستالی است.". برای داروهای ابتکاری کایرال عمومی، تک کریستالیپراش اشعه ایکس نتایج تجزیه و تحلیل ساختار نیز مورد نیاز است. از آنجایی که کریستال‌های کایرال سیگنال‌های پراکنده غیرعادی به اشعه ایکس دارند، ضریب فلک را می‌توان با اندازه‌گیری سیگنال‌های پراکنده غیرعادی محاسبه کرد و سپس پیکربندی مولکولی را به دست آورد. در مقایسه با سایر روش های تحلیلی برای تجزیه و تحلیل کایرالیته، اشعه ایکستک کریستالپراش مستقیم تر و قابل اطمینان تر است.

علاوه بر مولکول های کوچک ساختار کریستالی دارو، یکی دیگر از کاربردهای عمدهپراش تک کریستالی اشعه ایکسحل کردن ساختار پیچیده مولکول های پیش ساز دارو و پروتئین های هدف است. در روش های نوین کشف دارو، می توانیم ساختار پروتئین هدف و همچنین ساختار پیچیده داروی پیش ساز مولکول کوچک و پروتئین هدف را به دست آوریم و نحوه عملکرد داروهای مولکول کوچک را به وضوح مشاهده کنیم. طراحی دارو بر اساس ساختار، با کمک کامپیوتر، بسیار واضح و سرراست شده است. بنابراین، غربالگری با توان بالا، غربالگری مجازی، طراحی دارویی مبتنی بر ساختار و بهینه سازی ترکیبات سرب به تکنیک های رایج برای کشف داروی مولکول های کوچک تبدیل شده است. این فناوری ها بسیار موفق بوده اند و امروزه نیز در حال غنی سازی و توسعه هستند.